W niedalekiej przyszłości nagły i niewyjaśniony wzrost poziomu morza sprawił, że znaczna część ludzkiej cywilizacji znalazła się pod wodą. Ikaruga Natsuki, chłopiec, który stracił matkę i nogę w wypadku kilka lat wcześniej, wraca rozczarowany z trudnego życia w wielkim mieście, aby znaleźć swój stary wiejski dom w połowie pochłonięty przez morze. Pozostawiony bez rodziny, jedyne co ma, to statek i...