Shidou Itsuka stoi w obliczu większego niebezpieczeństwa niż kiedykolwiek ze względu na jego ciągłe zaangażowanie w Ratatoskr. Zapieczętował już 10 Duchów, a Isaac Westcott, lider Deus Ex Machina Industries, w końcu zdecydował się zabić Shidou i splądrować moce Duchów dla siebie. Aby osiągnąć swój cel, Isaac wypowiada wojnę przeciwko Ratatoskrowi, zmuszając organizację do wyczerpania swoich zasobów, aby zapewnić przetrwanie Shidou. Pomimo znacznej przewagi liczebnej i liczebnej, istnieje promyk nadziei w postaci Ducha Czasu, Kurumi Tokisaki. Shidou musi zapieczętować i zdobyć moc Kurumi, aby udać się w przeszłość i stawić czoła Duchowi Pochodzenia - katalizatorowi, od którego wszystko się zaczęło.

Wszystkie Odcinki