Kei Narutani i jego przyjaciółka z dzieciństwa, Song Minghua, to chińscy uchodźcy uciekający przed Zai, tajemniczą organizacją, która bezlitośnie terroryzuje ich kraj i jego mieszkańców. Na szczęście podczas ucieczki do Japonii zostają ocaleni przez dziwny, czerwony samolot. Fascynacja Keia tym samolotem prowadzi go do spotkania ze swoją wybawicielką – dziewczyną, która jest "Animą", czyli pilotem unikalnego rodzaju samolotu nazwanego "Córką". Dziewczyna...