Sto lat po katastrofalnych zmianach płyt tektonicznych, które spowodowały zatopienie większości jej obszaru, Japonia obecnie rozkwita jako kraj morski. Wybrzeża Japonii są dobrze funkcjonującymi miastami, a dobrze rozwinięte szlaki morskie są bronione przez wyspecjalizowane okręty wojenne. Przemysł morski kwitnie, a młode dziewczyny chętnie dołączają do Błękitnych Syren — wysoko wykwalifikowanych kobiet, które poświęcają swoje życie ochronie mórz. Po pewnym czasie rozłąki przyjaciółki z dzieciństwa Akeno Misaki i Moeka China spotykają się ponownie w Yokosuka Girls' Marine High School. Dołączają do nich inne osoby, które podzielają ich marzenie o zostaniu Błękitnymi Syrenami. Wkrótce rozpoczynają się ćwiczenia szkoleniowe, a Akeno i Moeka zostają dowódcami własnych statków i załogi. Wszystko przebiega gładko dla Akeno, która oswaja się ze swoją rolą kapitana i buduje koleżeństwo między członkami załogi na pokładzie Harekaze, niszczyciela. Jednak nieoczekiwane awarie silnika i nawigacji wkrótce pozostawiają ich statek na mieliźnie, a załogę w niebezpieczeństwie. High School Fleet opowiada historię dzielnej załogi Harekaze, która nawiguje po zdradliwych wodach i stawia czoła innym przeszkodom w dążeniu do stania się pełnoprawnymi Błękitnymi Syrenami.

Wszystkie Odcinki