Pod koniec XIX wieku, gdy dobiegały końca okrutne czasy okresu Bakumatsu, nowa era Meiji zapoczątkowała okres restauracji dla Japonii. Po zakończeniu wojny, jego niesławny bohater Hitokiri Battousai zniknął w powietrzu, pozostawiając za sobą jedynie legendę. Lata później, pozornie zwykły wędrowiec o imieniu Kenshin Himura spotyka Kaoru Kamiya, właścicielkę walczącego o przetrwanie lokalnego dojo w Tokio. Kaoru ściga samozwańczego Battousai, który włóczy...