Kiedy zaginiony Zero Kiryuu wraca do Cross Academy, Yuuki Cross jest szczęśliwa, widząc go całego i zdrowego, ale odkrywa, że ​​Zero zmienił się na więcej niż jeden sposób. W wyniku podjętych przez niego wyborów Zero jest dręczony wizjami i stara się odkryć przyczynę stojącą za nimi — nieświadomy, że odpowiedzi mogą być znacznie bliżej, niż myśli. Wkrótce Yuuki zaczyna...