Shidou Itsuka kontynuuje swoją misję Ratatoskr, znajdując duchy i próbując zapieczętować ich moce, jednocześnie utrzymując relacje z tymi, które już zapieczętował. Co więcej, w miarę pojawiania się nowych Duchów, musi on przechodzić bardziej skomplikowane próby – wszystko po to, aby położyć kres dalszym katastrofom, gdy dowie się więcej o pochodzeniu Duchów.